PhD+postdoc grant on ABC

I have received the following email announcement about a joint INRA/INRIA PhD grant on statistical methods for high frequency genomics, backed by an additional two year postdoc contract:

“Identifier les signatures de sélection dans les données issues de la génomique haut-débit : développement de modèles et de méthodes d’analyse statistique”.
Le développement rapide des technologies de séquençage et de génotypage à haut débit permet désormais de produire de très grandes quantités de données de polymorphisme génétique à une échelle populationnelle, y compris chez des espèces « non-modèles ». Dans ce contexte, la recherche de marqueurs moléculaires portant des signatures de sélection est primordiale pour comprendre la dynamique de l’adaptation. Cette thèse aura donc pour objet de développer des méthodes d’analyse statistique innovantes, pour caractériser la typologie des marqueurs génétiques vis-à-vis de leur statut évolutif. Ces méthodes seront développées dans un cadre bayésien, et se concentreront sur les outils stochastiques afférents (méthodes MCMC et approche ABC lorsque la vraisemblance n’est pas accessible) et les techniques de sélection de variables.

whose google translation is

The fast development of high-frequency sequencing and genotyping technologies allows henceforth to produce very large quantities  of genetic polymorphism data in a populationnal scale, including “non-model” species. In this context, the search for molecular markers carrying selection signatures is essential to understand the dynamics of the adaptation. This thesis will thus have for its goal to develop innovative statistical analysis methods, to characterize the typology of the genetic markers towards their evolutionary status. These methods will be developed in a Bayesian framework, and will concentrate on the relative stochastic tools (MCMC and ABC methods when the likelihood is not available) and the techniques of variable selection.

It involves my friend and coauthor Gilles Celeux (Paris Sud, Orsay) as one of the advisors, as well as two researchers from the place that taught me everything about ABC, the INRA CBGP (Centre de Biologie et de Gestion des Populations)  lab in Montpelliers: Mathieu Gautier and Renaud Vitalis. It is thus a highly interesting proposal whose deadline is April 23.

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